A Reserva Florestal do Morro Grande é drenada pelo alto curso da Bacia Hidrográfica do rio Cotia. São diversos rios que se encontram pelo caminho, criando uma rede densa e interconectada formadora do rio Cotia.
Na Reserva, os rios correm em áreas com floresta nativa, ao contrário de outras áreas de nossa região onde há ocupação urbana e parte da drenagem natural foi aterrada ou canalizada.
O rio Cotia, após sair da Reserva do Morro Grande, percorre um caminho por áreas urbanizadas, chamado de baixo curso da bacia, até desaguar no rio Tietê. Nesse trajeto, alguns trechos são bastante poluídos, como mostra a foto abaixo.
As águas da Reserva do Morro Grande são captadas para abastecimento público no Sistema Alto Cotia, que abastece mais de 400 mil pessoas dos municípios de Cotia, Embu das Artes, Embu-Guaçu, Itapecerica da Serra e Vargem Grande Paulista.
Assim, a Reserva do Morro Grande consiste numa bacia hidrográfica preservada, condição única em nossa região, e a preservação dessa área em sua totalidade é fundamental para a proteção dos recursos hídricos ali existentes.