Após a criação do Parque Estadual do Morro Grande, a área passou a ser gerida pela Fundação Florestal (FF), uma fundação pública vinculada ao Governo do Estado de São Paulo, responsável pelo manejo, conservação, ampliação e gestão das Unidades de Conservação (UCs) estaduais. O gestor do Parque é Waldnir Gomes Moreira (waldnirgm@fflorestal.sp.gov.br), integrante da Fundação Florestal.
A Sabesp, antiga responsável pela gestão da Reserva, mantém suas atribuições relacionadas ao manejo operacional do Sistema Produtor Alto Cotia (Represas da Cachoeira das Graça e Pedro Beicht).
